宁远城新任知县蔡子西这天早晨接到报案，说是手下捕快头目之一的丁二葵不知何故突然暴死在中。蔡知县于是带了仵作等一干人众匆匆赶到死者宅第，见自己的副手孙县丞已然提前到达，并且正在维持着秩序，免得看热闹的人破坏了案发现场。
蔡知县向孙县丞简单问了一些情况后，立即命人着手勘查现场。仵作初步验尸后很快禀告说，丁二葵面色发青，瞳孔放大，初步猜测为属于中毒身亡。蔡知县仔细环视房间里所有东西，没有发现任何能够盛放毒药的器皿，便叫来死者家属协助官府进行检查，期望能找到破案的蛛丝马迹。不料死者的一个小妾抬头间视线落到墙上悬挂的一幅画时，突然惊叫起来：“大人，那张画有问题，老爷……老爷也许是被画中的毒蛇咬死了！”
蔡知县等人闻声定睛一看，它是一幅叫做《灵蛇祈福》的绢布画。只见碧绿的潭水中盛开着一朵七彩莲花，上面盘着一条浑身布满金色鳞片的蛇，正张大着嘴巴，令人感到毛骨悚然的是它的锐利牙齿上还残留着斑斑血迹。看到这种恐怖的画面，蔡知县不由得皱了皱眉，问那个小妾到底发生了什么事。小妾战战兢兢地解释说，这张画是丁二葵前几天买来准备供奉蛇神用的。可她记得很清晰，当丁二葵展开并挂好该画时，上面的蛇温雅地闭着嘴巴，头部高高昂起，仿佛在祈佑主人平安吉祥、福惠终生，可不知为什么它现在竟然变成了一条嗜血的凶神！
蔡知县听过后倒没有现出什么惊异之态，可其他人却瞪大了眼睛面面相觑。尤其是一脸不安的孙县丞凑到蔡知县面前提醒说：“大人有所不知，本地老百姓世世代代都信奉蛇神，每逢初一、十五都要摆供焚香，祈禳蛇神保佑全家安康。可一旦有人触怒了蛇神，它就会显灵发威而夺其性命。”
蔡知县不置可否地淡淡一笑：“世间真的会有这等事？”说罢命仵作再次对丁二葵尸体进行仔细检验一番，看是否能找到其它帮助破案的线索。谁知仵作查看到死者腿部时，差点惊叫出声来，居然有一对无比清晰的蛇的毒牙印！而且用银针测过血样后，断定丁二葵确实死于蛇毒！
不仅众人对此瞠目结舌，就连蔡知县也不禁感到满心疑惑。难道果真是画上的蛇夺去了丁二葵性命？可丁二葵在哪方面冲撞了蛇神而遭致残忍的惩罚呢？尽管蔡知县作了精心地调查和了解，仍迟迟未能解开丁二葵身死之谜。饱读诗文的他并不完全相信所谓的蛇神显灵杀人之说，冥冥之中觉得案情并非如此简单，也许有更多的蹊跷隐藏在幕后。
蔡知县正在苦苦思索如何能查获杀死丁二葵的真凶之际，又一起同样的离奇命案骤然发生。宁远城首屈一指的富户金虎在家中被毒蛇咬死，凶手就是挂在其卧室中的一幅《百蛇图》，画上的数十条蛇居然在夜间悄悄复活爬到金虎床上活活咬死了他。等家人发现这幕惨景时，金虎早已绝气身亡，而那些嘴上沾染鲜血的毒蛇又重新回到画面中，瞪大凶残的绿眼睛看着死者。
蔡知县根据仵作验尸获知，金虎的尸体上果然密布着大大小小几十对毒蛇牙印，而且喉管处也几乎被勒断，以至其舌头暴吐，双眼凸出。其情状可谓惨不忍睹。蔡知县盯着那幅诡异的《百蛇图》，怎么也想不明白，就算山野中的蛇是一种具有灵性的动物，那么画中的它们也会具有如此神奇的灵性吗？
由于相继发生两起蛇画夺命事件，整个宁远城变得人心惶惶起来。人们恐惧地认为，惨遭身死的丁二葵、金虎或是没有及时认真供奉，或是亵渎了蛇神才遭致报复的。因此市面上的各种供拜之物竟然出现了脱销现象，人们不吝钱财地买下这些东西，天天焚香跪奉，唯恐惹怒了蛇神而遭来血光之灾。
蔡知县知道如果不尽快澄清案情真相，就难以稳定躁动不安的民心。他于是找来孙县丞，要求其尽快查清那些蛇画的来源。孙县丞领命后，很快回复说那些蛇画是从距城二十里外的青蛇观中购得的。
通过孙县丞的详细讲述，蔡知县晓得青蛇观是一座废弃的前朝道观。据说曾有一位带兵的将军路过并夜宿该道观时，不知什么原因亲手杀死了一条赤练蛇。当夜道观便着了火，烧死了那名将军和许多未来得及逃生的道士。从此，只剩下少许残屋的青蛇观便越发邪气起来，以至于再也没有人敢去供奉香火。但在几年前，从外地又来了一个须发皆白的老道人，居然将那些残屋休憩后不信邪地入住其中。可能是该道人善会驱邪避灾的法术，住在那里倒也相安无事。而就在半年前，那位老道人外出化缘时领回一个叫觉慧的年轻女道人，说是其当年未出家时失踪多年的女儿总算找到了。令人们称奇的是觉慧有一手作画的绝技，尤其是擅长画蛇，其用妙笔丹青绘出来的蛇简直栩栩如生。恰逢本地老百姓几乎家家虔诚地信奉蛇神，因此有许多人听到消息后络绎不绝地前往青蛇观购买蛇画，包括丁二葵和金虎家的两幅蛇画也是出自于觉慧笔下。
蔡知县为了搞清那些蛇画究竟有什么奥秘之处，就和孙县丞一起去青蛇观查访。果然正如孙县丞所说那样，坐落于深山坳中的青蛇观残破不堪，被大火烧过后焦黑的断墙至今犹存。蔡知县等人刚刚进入院落中时，不禁大吃一惊，只见树枝上、草丛间都爬满了大大小小的蛇。望着陌生的来访者，它们警觉地抬起头吐着血红芯子，发出的咝咝声令人感到不寒而栗。
当听说本地父母官来造访，老道人笑吟吟地迎了出来，并把那些吓人的蛇赶到大门外。双方彼此寒暄了一阵子，蔡知县就径直说明来意，要见一见觉慧和她亲手作的画。老道人稍稍犹豫了片刻，实在不敢违背知县大人的意思，于是唤来了觉慧。
蔡知县上上下下把眼前的女道姑打量了一番，觉得对方虽然眉宇清秀，但闪烁不定的眸子里隐隐透着一丝杀机。当着蔡知县的面，觉慧拿来一卷空白的绢布现场作起画来。时间不长，一幅惟妙惟肖的《飞蛇图》就展现在众人面前，蔡知县和孙县丞禁不住连声称道妙绝。
正在这时，一只猴子蹦跳着来到觉慧面前，撒娇似地在其怀里蹭来蹭去。老道人见状微笑说：“大人不要见怪，只因为小女为了把画做得更好才养了一群蛇。毕竟蛇这东西犯性子时是要伤人的，故训练了一只对蛇极为敏感的猴子用以夜间防范它们。”老道人说到这里对猴子喝令道：“畜生，还不向知县、县丞两位大人问安。”
说来也怪，那只猴子竟然先后给蔡知县、孙县丞磕了几个头。看着这个颇通人性的生灵，蔡知县和孙县丞不禁对视一笑。但是就在该猴子回到觉慧身边时，觉慧让它面对孙县丞，在其头顶上轻轻拍了三下。孙县丞丝毫没能注意到这个小小细节，但是蔡知县却不动声色地把它牢牢记在了心里。只不过他在心里狐疑不已，不知道觉慧的这点小动作是无意间做出来的，还是其中隐藏着什么不可告人的玄机？
当得知蔡知县决意买走此画时，道人父女表示要慷慨相赠。体恤民情的蔡知县莞尔一笑：“如今你们正在筹集银两打算重建青蛇观，本官理应全力支持，就留下纹银五十两算是代表心意吧。”出于盛情难却，老道人感激地谢过后收下银两。但是令蔡知县再度费解的是，当他领着手下人告辞离去时，总觉得觉慧在用一种愤怒的目光盯着孙县丞。
不管怎么说，蔡知县目前没有任何证据锁定道人父女就是作案凶手，只能叮嘱孙县丞暗中多留心对方动静。蔡知县回到县衙自己的府院书房里，把那幅《飞蛇图》悬挂起来进行仔细观察。画的最上边自然和其它绢布画一样，是根连结布帛的空心竹筒，下边就是绘在布上的精美画面内容了。
蔡知县为了查出觉慧笔下的画究竟有什么端倪，不顾潜在的危险，夜间一个人宿在书房里。时值盛夏，天气甚是闷热，蔡知县夜不能寐时就起来踱步，目光几乎时时不离开画中的飞蛇。就这样一连三天过去了，这幅画依旧还是原样，丝毫没有令蔡知县窥出任何破绽。他不免感到有些泄气，就派人去把孙县丞找来，准备商量下一步该怎么办。
孙县丞来到蔡知县的书房里，见蔡知县满脸倦色，知道他几日来没有好好休息，便劝慰说应保重身体，案子迟早会有水落石出那一天的。蔡知县一脸的无奈，让孙县丞再好好查看这幅画，如果确实没什么破案价值就把它撤掉。
见孙县丞对着该画也是冥思苦猜，蔡知县为了不打扰他，独自出去忙于其它事务了。而就在片刻功夫，有人听见书房里传出一声惨叫。等蔡知县闻讯赶到时，见到孙县丞嘴唇青紫，满眼透着惊恐地指着墙上的画：“蛇，蛇，我被画中的蛇咬了一口……”未等他的话说完，浑身一阵抽搐后闭上了眼睛。
蔡知县目睹此情此景，断定问题就出在蛇画上。命人摘下《飞蛇图》平铺到桌子上，一点一点地再次认真查看。与此同时，他竟然闻到了从画中散发出一股腥臊的气味，而且像极了蛇身上应有的味道。循着气味，蔡知县把目光赫然落到了画上方的那根空心竹筒上，居然发现一端的盖子被启开了，气味就是从竹筒里发出来的。他把整张画立起来用力一磕，从竹筒里倒出一些动物粪便，找来行家一辨认，竟然是蛇粪。
蔡知县看到这里，眼睛里虽然放出兴奋的光，但却懊悔得用力连连捶打桌子：“真正的凶手总算露出了马脚，可我在此之前怎么就没料到道人父女能有这一手啊，看来他们很可能抢在了官府的前面！”
蔡知县带着捕快赶到青蛇观时，果然见到那里空空如也。道人父女早已不知去向，留给蔡知县的只有一封陈述所谓蛇画杀人始末缘由的书信。
原来，在很多年前，宁远城里住着一户姓宋的财主，别看宋员外家资巨富，却有着一颗慈善之心。一年冬天，他在路上救下一个饿昏的小乞丐，见其孤苦可怜，便带回家中收养。那名小乞丐自称叫金虎，因父母双亡生活无着落才出来乞讨，为感激宋员外大恩大德，遂拜他为义父。谁知狼子野心的金虎长大后，觊觎起宋家资产，企图以宋员外没有子嗣而乘机继承。不料宋员外偏偏老年得了一对龙凤双胞胎，金虎的满心期望为之落空，于是便勾结起因敲诈宋员外而蹲过大牢的无业游民丁二葵。两人感觉形单势孤，很难斗过根基深厚的宋员外，又极力拉拢官府中的孙县丞。孙县丞为巴结上司以求升官曾向宋员外借一大笔钱，遭到婉言拒绝后而怀恨在心，于是与金虎、丁二葵串通一气，想方设法陷害宋员外，诬告其勾结绿林匪盗反叛朝廷，最终使宋员外有口难辨落得个抄家灭门惨祸。
就在官府公差查抄宋家时，有一个家人抱着那对龙凤胎中的女婴藏匿起来，因而侥幸躲过了灾难。后来，那个家人带着女婴逃到遥远的外地一座道观，以父女的名义隐姓埋名过着清苦生活。女婴长大后，学得了一手驯蛇与画蛇绝艺，为报深仇大恨，与入道出家的义父悄悄回到宁远城外的青蛇观。以出卖蛇画募款重修道观为名等待仇人上钩。果然通过孙县丞关系升为捕快头子的丁二葵与发了财的金虎先后到青蛇观购买了蛇画。
利用夜幕掩护，觉慧带着训练好的猴子、毒蛇与另一幅绢布画悄悄来到丁二葵家宅院外。毒蛇寻找间隙爬入屋内咬死了丁二葵，猴子则将墙上的蛇画换成了另一幅。至于杀死金虎，觉慧也是故伎重演，不过这次为了配合好《百蛇图》显灵发威，她把驯养的几十条蛇全都用上，才造成金虎死相极惨的情形。
等到蔡知县与孙县丞来青蛇观求画时，聪明的觉慧已猜出来者不善，为了借机除掉最后一个仇人孙县丞。觉慧事先在绢布画空心竹筒里藏下一条剧毒的小蛇，为了保证其呼吸生存，竹筒上留有不被人注意的微小缝隙，两端则用扣子盖紧。为了不伤及无辜的蔡知县，觉慧有意在猴子脑袋上连拍三下，目的是让它记住仇人孙县丞模样。那只聪明的猴子其实早就跟踪并藏匿于蔡知县书房内，等到观画的主人换了孙县丞时，猴子趁其不备拧开画上方竹筒盖子放出毒蛇，将孙县丞咬死后双双逃之夭夭，追赶放弃青蛇观已经上路的主人去了。
至此，一系列轰动宁远城的蛇画杀人案真相终于昭告于天下。人们在感到无比惊悚的同时，也发出了深深感慨：看来人切不可为了贪欲而生邪念，凡是作恶的人即使靠侥幸逞强一时，终归也逃不脱应有的报应！